המוזיאון הימי הלאומי מוקדש לתולדות הספנות באגן הים התיכון, בים סוף ועל גדות הנילוס ותצוגתו משקפת חמשת אלפים שנות היסטוריה ימית. המוזיאון מדגיש במיוחד את הקשר המתמשך של ארץ ישראל והעם היהודי לים. המרכיבים הבולטים בתצוגת המוזיאון הם: דגמי אניות, ממצאי הארכיאולוגיה התת־ימית, אוסף גדול של מפות עתיקות ותחריטים המחולק על פני המדורים השונים.
